Считается, что тайные кланы ниндзя возникли в Японии одновременно с самурайским сословием в IX—XII веках. Прообразом ниндзя считаются секты горных отшельников ямабуси VIII века, Ямабуси поощряли тяжёлые и изнурительные тренировки своих адептов, а также тщательно сохраняли собранные на протяжении веков знания по медицине, химии, астрологии. Ямабуси были приверженцами полного слияния с природой. Изначально тайные школы ниндзюцу не имели ничего общего с военными организациями ни по своей методике подготовки, ни по своей философии. Однако со временем произошли изменения.
Традиционно ниндзя выполняли роль наёмников, которые предлагали себя в качестве шпионов, наёмных убийц, диверсантов, политических провокаторов и террористов большим и маленьким правителям японской феодальной эпохи.
Семьи ниндзя представляли собой тесно сплочённые коллективы, интегрированные в более крупные группы — кланы.
В японской культуре ниндзя часто противопоставляются самураям. Дело в том, что самураи превыше всего ставили идеалы воинского кодекса бусидо и в соответствии с ними стремились достойно сражаться и наилучшим образом подготовиться к смерти. Ниндзя исповедовали прямо противоположную философию. Главное для ниндзя — выполнить поставленную задачу, а так как основная их задача — разведка, то для успешного её выполнения необходимо было выжить любой ценой. Для ниндзя не могло быть запретных действий, не могли существовать какие-либо нравственные и религиозно-этические ограничения в методах ведения войны.
Маскировочный костюм ниндзя
Ниндзя никогда не использовали чёрный обтягивающий костюм, популярный в фильмах и романах. Днём ниндзя носили повседневную одежду, позволяющую слиться с толпой. Ночные костюмы ниндзя имели красновато-коричневые, пепельные, желтовато-коричневые или тёмно-серые оттенки. Именно эти оттенки позволяли полностью слиться с ночной мглой тогда как абсолютно чёрный костюм резко выделяется в этих условиях.